Un rastreo de patrones en el genoma de actinobacterias marinas revela un nuevo antibiótico, la «indanopirrol A»

Investigadores del Instituto Scripps de Oceanografía (Scripps Institution of Oceanography, UC San Diego, Estados Unidos) han encontrado, en actinobacterias de origen marino, los nuevos productos naturales antibióticos indanopirrol A (indanopyrrole A) y B. El género Streptomyces es un grupo de microorganismos que ha dado numerosos antibióticos clínicos y sustancias anticancerosas a partir del suelo terrestre, pero el potencial biosintético de las cepas aisladas del mar se ha explorado relativamente menos.

Conexión con grupos de genes «huérfanos» en 20 genomas MAR4

Los investigadores aplicaron la minería de genomas basada en patrones (pattern-based genome mining) a Streptomyces del linaje MAR4, que se aísla sobre todo en el mar. Así identificaron por primera vez productos naturales de la familia de las pirroloquetoindanos (pyrroloketoindane) con átomos de halógeno, y los conectaron por bioinformática con un grupo de genes biosintéticos (biosynthetic gene cluster, BGC) de función desconocida presente en 20 genomas MAR4. La indanopirrol A mostró una intensa actividad antibacteriana de amplio espectro frente a patógenos clínicamente importantes.

Al compararlo con el grupo de genes del compuesto similar indanomicina (indanomycin), obtuvieron también nuevas pistas sobre los pasos finales de ciclación y de liberación de la molécula en esta familia. En la búsqueda en bases de datos públicas se comprobó que este grupo de genes es poco común, por lo que los investigadores consideran que hay margen para encontrar más compuestos de la misma familia. Sin embargo, la actividad antibacteriana es un resultado de laboratorio, y no se ha comprobado la eficacia ni la seguridad en modelos animales de infección ni en personas.